Les étudiants inscrits en Mastères biologiques à la faculté des sciences de Tunis suivent obligatoirement un cours d'initiation à la méthodologie de recherche. Ce cours a pour objectif de les initier à mener une recherche scientifique depuis la phase de recherche de sujet, jusqu'à la publication des résultats passant par les étapes de dépouillement bibliographique, de construction de problématique et rédaction de mémoire. Si en sciences humaines le cours de méthodologie de recherche semble être structuré en faisant appel à la logique, sa transposition à la biologie met en jeu sa spécificité comme discipline de terrain et/ou de laboratoire. On s'interroge alors sur les difficultés, des apprentis-chercheurs en sciences expérimentales, à l'acquisition des concepts de méthodologie. Pour ce faire, un questionnaire a été administré auprès des étudiants après avoir suivi le cours de la méthodologie de recherche. D'une façon générale, les questions portent sur l'aspect positiviste de la science, sur les critères d'évaluation de la recherche et sur les caractéristiques d'une théorie scientifique. Les difficultés identifiées, qui font face à la construction de la posture épistémologique du chercheur, sont plurielles auxquelles nous proposons quelques pistes pour les dépasser.